產業縱斷面相對效率的衡量有助於了解經濟政策與環境因素對該產業效率變遷的影響。本研究篩選17家上市上櫃的台灣生技製藥廠商做為研究對象，分為8家生技廠商與9家製藥廠商兩種產業討論，以資料包絡分析法(Data Envelopment Analysis)衡量相對效率值的變遷(1981-2000)。投入項包括總資產、股東權益淨額、營業費用、營業成本四項。產出項為稅前淨利。主要內容為個別廠商營運效率趨勢分析與廠商間營運效率的比較。
個別廠商之營運效率趨勢係衡量各廠商與自己及產業中其他廠商過去的經營效率。研究中採用台灣經濟新報資料庫的資料，以年資料為基礎計算相對效率值，衡量各廠商歷年營運相對效率的趨勢，並比較總體因素與經濟政策對各廠商產生的影響。製藥業1991年後績效下滑，而健保對製藥業則是利多消息，因此1995年績效止跌略有回升，但受到金融風暴與全球不景氣影響1998及2000年績效較差。生技廠商則不受金融風暴影響，但2000年只有邦拓、百略及五鼎不受不景氣影響。
本研究藉由相對效率值與被參考次數認定企業標竿，分析標竿企業的各項投入與產出比率，做為無效率廠商改善經營效率的努力目標。製藥業標竿為永日化工與永信藥品兩間廠商，永日化工在營業成本上的控制較佳，而永信藥品在營業費用上的控制較好。生技廠商標竿為東貿國際與百略醫學。
本研究並以縱斷面與橫斷面兩種方式探討營運效率與股價的相關性。以比較股價與營運績效的相關與偏離程度，並進一步探討其成因。大眾對於中化製藥的預期過於樂觀且有偏誤情況發生，而CCR效率與股價相關性較高，比起BBC效率更能代表上市上櫃的經營效率。

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