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研究生: 邱智瑞
Zhi-Ray Chiou
論文名稱: 以個人電腦叢集平行運算模擬蛋白質結構
指導教授: 李弘謙
Hoong-Chien Lee
口試委員:
學位類別: 碩士
Master
系所名稱: 理學院 - 物理學系
Department of Physics
畢業學年度: 91
語文別: 中文
論文頁數: 52
中文關鍵詞: 個人電腦叢集平行運算
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  • 本論文提出建構一個人電腦叢集架構,以平行運算之方式,使用 AMBER 這一套裝軟體對胺基酸序列作分子動力模擬,以及模擬酵素分子作用的部分過程。
    本文第一章論述模擬目的。第二章說明蛋白質之結構。第三章簡介分子動力模擬及模擬軟體 AMBER。第四章介紹個人電腦叢集軟、硬體之架設。第五章介紹所模擬之胺基酸、列出詳細模擬作法,最後說明模擬之結果。第六章則是提出結論。


    第一章 序論 1 第二章 蛋白質構造簡介 2 2.1蛋白質四級結構 2 2.2蛋白質分子間的作用力 3 第三章 分子動力模擬及AMBER簡介 5 3.1 分子動力模擬 5 3.2 AMBER 8 第四章 個人電腦叢集 10 4.1 PC-Cluster主從架構 10 4.2 PC-Cluster硬體建置 11 4.3 PC-Cluster軟體設定 12 第五章 結果分析 15 5.1模擬之氨基酸簡介 16 5.2分子動力模擬主要步驟 21 5.3詳細作法 22 5.4折疊模擬結果 25 第六章 結論 46 參考文獻 47 附錄 49

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