由於政府常對於特定產業或投資活動制訂各項租稅優惠，使得公司營利事業所得稅之名義稅率與有效稅率間因租稅優惠而造成租稅不公的現象。政府為消除營利事業所得重複課稅現象，自民國87年開始實施兩稅合一制度。兩稅合一後租稅不公的現象會加重或是減緩；會對高科技產業更有利，或者不利於非高科技產業乃為本研究的主要研究動機。
本研究利用普通最小平方法（ordinary least squares），探討公司有效稅率之影響因素，以及兩稅合一實施之後，高科技產業、傳統產業及大小規模企業之有效稅率是否會出現結構性變化。
本研究所得之結論如下：
1. 公司規模大、財務槓桿高、總資產報酬率小、淨營業利益低的公司，其有效稅率愈低。
2. 高科技產業之有效稅率，在兩稅合一後顯著的上升。
3. 政府藉由兩稅合一制度，誘導企業的籌資方式由舉債轉為現金增資，對高科技產業與大規模企業而言，頗有成效。
4. 非高科技產業與小規模企業在因應景氣變化的能力並不充足。
5. 研究發展密集度與有效稅率呈負向關係，但對高科技產業而言，並不會特別的顯著。在兩稅合一後，研究發展密集度對有效稅率之負向影響會降低。
6. 資本密集度與有效稅率在兩稅合一後有顯著之負向關係，這是因為稅制變革與金融風暴的壓力下，使得企業更加重視節稅。
7. 由於轉投資優惠增加，所以企業之長期股權投資比率增加。
8. 我國稅法足以反映獲利能力提昇，導致課稅所得增加。

一、 中文部分
1. 丁克華，「採行兩稅合一所得稅制有關抵繳之配合措施」，財稅研究第十六卷第二期，頁47-54。
2. 吳月琴，「兩稅合一所得稅制下未分配盈餘可稅問題」，財稅研究第十六卷第二期，頁55-56。
3. 巫心鑫，蔡松棋，「兩稅合一解析經典」，民國八十六年十一月。
4. 林隆昌，「租稅獎勵與兩稅合一」，民國八十六年五月。
5. 張志揚，兩稅合一制度之採行對我國中小企業理財策略之影響，私立淡江大學會計研究所碩士論文，民國八十六年六月。
6. 張智能，新加坡兩稅合一制之研究及對我國之建議，國立台灣大學會計研究所碩士論文，民國八十五年六月。
7. 張錦娥，所得稅對資本結構及股利政策影響之研究，私立東吳大學會計研究所碩士論文，民國八十二年六月。
8. 莊榮琳，「兩稅合一所得稅制股票股利問題之探討」，財稅研究第十六卷第二期，頁57-60。
9. 許嘉棟，「兩稅合一所得稅制影響之一般均衡動態模擬分析」，經濟論文第十七卷第二期，頁1-51。
10. 單騰笙，兩稅合一制在內生化成長模型中之探討，私立淡江大學財務金融學系碩士論文，民國八十六年六月。
11. 經濟革新委員會財稅組，「採行兩稅合一制所得稅可行性之研究」，稅務旬刊第1212期，頁5-16。
二、 國外部分
1. Citizens for Tax Justice (CTJ), 1984, Corporate Income Taxes in the Reagan Years. Washington, DC: Citizens for Tax Justice.
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3. Citizens for Tax Justice (CTJ), 1986, 130 Reasons Why We Need Tax Reform. Washington DC: Citizens for Tax Justice.
4. Citizens for Tax Justice (CTJ), 1988, The Corporate Tax Comeback. Washington DC: Citizens for Tax Justice.
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6. Gupta, S. and K. Newberry, 1992, “Determinants of the Variability in Corporate Effective Tax Rates: Evidence from Longitudinal Data,” Journal of Accounting and Public Policy, 1-34.
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8. Porcano, T., 1986, “Corporate Tax Rate: Progressive, Proportional, or Regressive,” The Journal of the American Taxation Association/Spring 7(2), 17-31.
9. Shevlin, T. and S. Porter, 1992, “The Corporate Tax Comeback in 1987: Some Further Evidence,” The Journal of the American Taxation Association/Spring 14(1),58-79.
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